三年

春二月，帝在寻阳。庚寅夜，涛水入石头，漂杀人户。乙夘，建武将军刘裕帅沛国刘毅、东海何无忌等举义兵。景辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口，青州刺史桓弘于广陵。丁巳，义师济江。

三月戊午，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落。己未，玄众溃而逃。庚申，刘裕置留台，具百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥、司州刺史温详。辛未，桓玄逼帝西上。景戌，密诏以幽逼于玄，万机虚旷，今武陵王遵依旧典，氶制总百官行事，加侍中，余如故。并大赦谋反大逆已下，惟桓玄一祖之后不宥。

夏四月己丑，大将军、武陵王遵称制总万机。庚寅，帝至江陵。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道规及桓玄将庾稚、何澹之战于湓口，大破之。玄复逼帝东下。

五月癸酉，冠军将军刘毅及桓玄战于峥嵘洲，又破之。己卯，帝复幸江陵。辛巳，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之奉帝居于南郡。壬午，督护冯迁斩桓玄于貊盘洲。乘舆反正于江陵。甲申，诏曰：“奸凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜渐，以致播越。赖镇军将军裕英略奋发，忠勇绝世，冠军将军毅等诚心宿著，协同嘉谋。义声既振，士庶效节，社稷载安，四海齐庆。其大赦，凡诸畏逼事屈逆命者，一无所问。”戊寅，奉神主入于太庙。

闰月己丑，桓玄故将扬武将军桓振陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，帝复蒙尘于贼营。

六月，益州刺史毛璩讨伪梁州刺史桓希，斩之。

秋七月戊申，永安皇后何氏崩。

八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。

九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，伏诛。

冬十月，卢循寇广州，刺史吴隐之为循所败，执始兴相阮腆之而还。慕容德死，兄子超嗣伪位。