义熙元年

春正月，帝在江陵。南阳太守鲁宗之起义兵，袭破襄阳。己丑，刘毅次于马头。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振将温楷于柞溪，进次纪南，为振所败。振武将军刘道规击桓谦，走之。乘舆反正，帝与琅邪王幸道规舟。戊戌，诏曰：“朕以寡德，夙纂洪绪，不能缉熙遐迩，式遏奸宄。逆臣桓玄乘衅肆乱，乃诬罔天人，篡据极位。朕躬播越，沦胥荒裔，宣皇之基，眇焉以坠。赖镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥，巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荆郢。幸天祚社稷，义旗载捷，狡徒沮溃，朕获反正。斯实宗庙之灵，勤王之勋，岂朕一人，独享伊祐，思与亿兆，幸兹更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同党不在原例。赐百姓爵二级，鳏寡孤独谷人五斛，大酺五日。”

二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等谋反，伏诛。平西参军谯纵害平西将军、益州刺史毛璩，以蜀叛。

三月，桓振复袭江陵，荆州刺史司马休之奔于襄阳。建威将军刘怀肃讨振，斩之。帝至自江陵。乙未，百官诣阙请罪。诏曰：“此非诸卿之过，其还率职。”戊戌，举章皇后哀三日，临于西堂。刘裕及何无忌等抗表逊位，不许。庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，加镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰，诏曰：“自顷国难之后，人物雕残，常所供奉，犹不改旧，岂所以视人如伤，禹汤归过之诚哉！可筹量减省。”

夏四月，刘裕旋镇京口，戊辰，饯于东堂。

五月癸未，禁绢扇及摴蒱。游击将军章武王秀、益州刺史司马轨之谋反，伏诛。桓玄故将桓亮、苻宏、刀预寇湘州，守将击走之。

秋八月甲子，封临川王子修之为会稽王。

冬十一月，乞伏乾归伐仇池，仇池公杨盛大破之。

是岁，凉武昭王玄盛遣使奉表称藩。